تعیین فانکشن یک پروتئین ناشناخته و بر هم کنش دو یا چند پروتئین، بر اساس تعیین همولوژی است و هم ترازی توالی‌ها نیز اساس تعیین همولوژی می‌باشد. هم ترازی یک الگوریتم چند مرحله‌ای است که در آن توالی‌های هم تراز شده با استفاده از ماتریس‌های امتیاز مختلف از قبیل PAM، امتیاز داده می‌شوند. انتخاب ماتریس امتیاز در این فرآیند بستگی به فاصله تکاملی توالی ناشناخته با توالی‌های شناسایی شده دارد. ماتریس PAM یک ماتریس عمومی است که برای امتیازدهی به انواع توالی‌های هم تراز شده به صورت موضعی و یا کلی استفاده می‌‎شود. در این مطالعه نشان داه شده است که ماتریس های PAM که برای یک خانواده پروتئینی خاص بدست آمده اند، همولوژی بین دو یا چند توالی را دقیق‌تر از ماتریس های PAM عمومی تعیین می‌کنند. به عبارت دیگر، ماتریس PAM اختصاصی فاصله تکاملی بین توالی‌ها را برجسته تر می‌کند. در این مطالعه ماتریس PAM مخصوص خانواده سایتوکرم C، بر اساس اصلاحات انجام شده روی روش دیهوف و جونز برای محاسبه ماتریس‌های PAM عمومی، محاسبه شده است. به منظور ارزیابی درستی نتایج بدست آمده توسط ماتریس امتیاز اختصاصی، تعدادی از توالی‌های پروتئین سایتوکرم C که به صورت تجربی تایید شده اند از پایگاه uniprot انتخاب شده و فانکشن آنها از طریق هم ترازی توالی‌ها و سپس تعیین تشابه با استفاده از ماتریس های PAM اختصاصی، PAM دیهوف و PET91 (ماتریس PAM محاسبه شده توسط جونز و همکاران،1992) مشخص می‌شود. نتایج نشان می‌دهد که تعداد فانکشن های صحیح که با استفاده از ماتریس PAM اختصاصی بدست آمده بیشتر از تعدادی است که توسط ماتریس های دیهوف و PET91 بدست آمده اند.

کلمات کلیدی