سازمان بین المللی انرژی هسته ای با هرگروه از کشورها با استاندارد ویژه ای و بر اساس پروتکلهای متفاوت با کشورهای مختلف جهان رفتار می کند. این روش استانردهای چندگانه آژانس بین المللی انرژی هسته ای، موجب نگرانی و عدم همکاری لازم کشورهای جهان با این سازمان گردیده است. گروهی از کشورها نیز اساسا، به پروتکل های پیشنهادی سازمان بین المللی انرژی هسته ای نپیوسته اند. پنج قدرت هسته ای عضو دائم شورای امنیت، و 27 کشور اروپایی، عضو اتحادیه اروپا، پروتکل های غیر از پروتکل اصلی آژانس بین المللی انرژی هسته ای را امضا کرده اند. حدود 100 کشور دیگر جهان به پروتکل اصلی مصوب اژانس بین المللی هسته ای پیوسته اند ولی عمده کشورهای این گروه یا نسبت به اجرای پروتکل شرط گذاشته اند و یا به نوعی در اجرای آن تردید دارند. چراکه پنج قدرت هسته ای عضو دائم شورای امنیت و 27 کشور اروپایی علاقه ای به امضای پیمان منع آزمایشات هسته ای نشان نمی دهند و نیز گامی در مسیر حذف سلاح های هسته ای بر نمی دارند. جمهوری اسلامی ایران، با توجه به ملاحظات امنیتی و منافع ملی خود، می تواند یا اساسا پروتکل الحاقی را نپذیرد و یا اینکه از انواع پروتکل های الحاقی، نوع متناسب کشورش را برگزیند و آن پروتکل را با آژانس بین المللی انرژی هسته ای به امضا رساند.