درطی فرآیند بیماریزایی، عاملFusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol) پروتئین اثرگذاری به¬نام SIX1را درون آوند گیاه گوجه¬فرنگی ترشح می¬کند. در ارقام مقاوم گوجه¬فرنگی که حامل ژن مقاومتی I-3 هستند، پروتئین اثرگذار SIX1 نقش یک فاکتور غیربیماریزایی را ایفا می¬کند. هومولوگ ژن SIX1 از برخی فرم¬های تخصصی دیگر F. oxysporum گزارش شده-است. تاکنون حضور این ژن درفرم¬اختصاصی F. oxysporum f. sp. melonis (Fom) تایید نشده¬است. این بیمارگر از مهمترین عوامل کاهش عملکرد، در ارقام ملون در سراسر جهان از جمله ایران و بخصوص استان خراسان است. شناسایی ژن¬های اثرگذار در Fom می¬تواند تولید ارقام مقاوم به این بیماری را تسهیل¬کند. در مطالعه حاضر ابتدا از روش¬های بیوانفورماتیکی برای شناسایی همولوگ ژن اثرگذارSIX1 در ژنوم Fom استفاده¬شد. توالی پروتئین Fol-SIX1 در پایگاه داده-ی WGSFOM بااستفاده از ابزار tBLASTN و با حدe-value 10 جستجو شد. چهار توالی بهم¬پیوسته (کانتیگ) شناسایی شد که فقط یکی از آن¬ها همپوشانی و شباهت قابل¬قبولی را با Fol-SIX1 دارا بود. توالی بهم¬پیوسته موردنظر بازیابی و ORFهای ممکن با نرم¬افزار VectorNTi پیش¬¬بینی شد. نتایج نشان¬داد توالی ORFژن مفروض برروی رشته آنتی¬سنس قرارداشته و پروتئینی به¬طول 283 اسیدآمینه را کد نموده¬ که بیشترین شباهت را با پروتئین Fol-SIX1 دارا بود. پیش¬بینی ساختار ژنی مفروض با FGENESH+ صورت¬گرفت. در ادامه ژن فوق در دو نژاد Fom، توسط یک جفت آغازگر اختصاصی داخلی ردیابی¬شد. سپس طول کامل ژن با یک جفت آغازگر خارجی توالی¬یابی و توالی آن با توالی¬های همولوگ خود مقایسه شد. در این مطالعه برای نخستین¬بار همولوگ پروتئین اثرگذارFol-SIX1 در ژنوم Fom شناسایی و Fom-SIX1 نامیده¬شد. مطالعه پروتئین Fom-SIX1 جدید نشان داد که ژن مفروض Fom-SIX1 قابلیت کد کردن یک پروتئین کوچک ترشحی غنی از سیستئین و پایدار در محیط خارج سلولی را داراست که فاقد دومین شناسایی شده بوده و با خصوصیات ذکر شده برای پروتئین¬های اثرگذار کاملا منطبق است.

کلمات کلیدی