بیوتکنولوژی کشاورزی, دوره (8), شماره (2), سال (2016-9) , صفحات (83-98)

عنوان : ( بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو‌های نژاد هلشتاین )

نویسندگان: مریم نصرتی , مجتبی طهمورث پور , لوکا فونتانزی , محمدرضا نصیری ,
فایل:

بر اساس تصمیم نویسنده مقاله دسترسی به متن کامل برای اعضای غیر دانشگاه ممکن نیست

استناددهی: BibTeX | EndNote

چکیده

در مطالعات ارتباطی و انتخاب ژنومی تعیین وسعت عدم تعادل لینکاژی، در تشخیص میزان نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت دارد. دراین پژوهش از 1089 گاو نر هلشتاین نمونه خون و اسپرم تهیه شد و با استفاده از بسته نشانگری K50 شرکت ایلومینا ژنوتیپ 2030 نشانگر بر روی کروموزوم شماره 6 بر مبنای اسمبلی UMD3.1 ژنوم گاو تعیین شد. داده­ها برای جهش تک­نوکلئوتیدی نادرست و افراد با ژنوتیپ­های نامشخص با استفاده از نرم­افزار Plink تصحیح شد. پس از تصحیح 1606 نشانگر (%79) باقی ماند. متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 37/0 بود و %80 نشانگر­ها حداقل فراوانی آللی بالاتر از 2/0 داشتند. عدم تعادل لینکاژی با محاسبه دو پارامتر Dˊ و r2 از طریق نرم‌افزار Haploview محاسبه شد. در این مطالعه وسعت عدم تعادل لینکاژی kb40 ( 3/0=r2 ) برآورد شد و مقدار r2 در kb80 به 2/0(سطح متوسط) و در kb300 به 1/0 (سطح پایه)کاهش یافت. اندازه موثر جمعیت در 10 نسل قبل حدود 100 راس بود. علاوه بر این، 49 بلوک هاپلوتیپی با دامنه kb472-18 و پوشش Mb 6/10 از کل کروموزم شناسایی شد. نتایج این پژوهش نشان داد که بطور تقریبی بین 70000- 40000 نشانگر یا یک نشانگر به ازاء هر kb 75-40 برای مطالعات ارتباطی کل ژنوم در این جمعیت مورد نیاز است.

کلمات کلیدی

عدم تعادل لینکاژی؛ گاو هلشتاین؛ کروموزوم 6؛ اندازه موثر
برای دانلود از شناسه و رمز عبور پرتال پویا استفاده کنید.

@article{paperid:1060703,
author = {مریم نصرتی and طهمورث پور, مجتبی and لوکا فونتانزی and نصیری, محمدرضا},
title = {بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو‌های نژاد هلشتاین},
journal = {بیوتکنولوژی کشاورزی},
year = {2016},
volume = {8},
number = {2},
month = {September},
issn = {2228-6705},
pages = {83--98},
numpages = {15},
keywords = {عدم تعادل لینکاژی؛ گاو هلشتاین؛ کروموزوم 6؛ اندازه موثر جمعیت},
}

[Download]

%0 Journal Article
%T بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو‌های نژاد هلشتاین
%A مریم نصرتی
%A طهمورث پور, مجتبی
%A لوکا فونتانزی
%A نصیری, محمدرضا
%J بیوتکنولوژی کشاورزی
%@ 2228-6705
%D 2016

[Download]