مقدمه: سرطان یکی از مهمترین چالش‌های بهداشتی قرن اخیر و آینده می‌باشد. طراحی داروهای ضدسرطان هدفمند، مبتنی بر آنتی‌بادی‌های مونوکلونال، نیازمند درک مکانیسم تعامل آنتی‌بادی–پروتئین در سطح باقی‌مانده‌ها است. اولین گام برای تولید آنتی‌بادی‌های مونوکلونال، پیش‌بینی ساختار آنها می‌باشد. روش کار: در این مقاله، مهمترین تحقیقات انجام شده برای پیش‌بینی سایت‌های تعامل کمپلکس‌های آنتی‌بادی-پروتئین و همچنین، تعیین ساختار موثر آنتی‌بادی‌ها بررسی گردیده است. معمولا برای این منظور، از شبکه‌های عصبی مصنوعی یا وب‌سرورها استفاده می‌شود. بعلاوه، برخی محققین نیز از الگوریتم‌های تکاملی برای پیش‌بینی ساختار موثر آنتی‌بادی‌ها استفاده نموده‌اند. بر این اساس، تعداد 14 روش مبتنی بر ساختار فضایی پروتئین‌ها، 28 روش مبتنی بر توالی اسیدهای آمینه (مستقل از ساختار فضایی)، و 18 روش پیش‌بینی ساختار آنتی‌ژن/آنتی‌بادی مورد بررسی قرار گرفته است. با وجود این، هنوز تحقیق مستقلی در خصوص پیش‌بینی ساختار موثر آنتی‌بادی‌های مونوکلونال انجام نشده است. نتایج: ما نشان دادیم که دقت روش‌های مبتنی بر ساختار فضایی تا 80% قابل افزایش می‌باشد؛ در حالی که دقت روش‌های پیش‌بینی مبتنی بر توالی اسیدهای آمینه به ندرت بهتر از 75% بوده است. از آنجا که ساختار فضایی بسیاری از آنتی‌بادی‌ها در دسترس نمی‌باشد؛ برخی محققین برای بهبود دقت (حتی تا 96%)، تنها از توالی آنتی‌بادی‌های موثر بر چند آنتی‌ژن مشابه در آموزش شبکه عصبی استفاده نموده‌اند. لذا، با توجه به دقت بالای بدست آمده، پیشنهاد می‌شود که از روش اخیر برای پیش‌بینی ساختار آنتی‌بادی‌های مونوکلونال استفاده گردد. نتیجه‌گیری: در این مقاله، پس از مرور روش‌های موجود برای پیش‌بینی سایت‌های تعامل آنتی‌بادی‌-پروتئین، پیشنهادهایی برای پیش‌بینی ساختار آنتی‌بادی‌های مونوکلونال پیشنهاد گردیده است.

کلمات کلیدی