عنوان : ( بررسی بیان ژن و شبکه های ژنی مرتبط با آپوپتوزیس در مرغان حساس و مقاوم به آسیت والدین جوجه گوشتی آرین با استفاده از RNA-seq )
نویسندگان: سعید صحرائی سعدآبادی , محمدرضا نصیری , علی جوادمنش , رضا توحیدی , اسماعیل ابراهیمی ,
دانلود فایل برای اعضای دانشگاهبر اساس تصمیم نویسنده مقاله دسترسی به متن کامل برای اعضای غیر دانشگاه ممکن نیست
چکیده
برنامه‌های بهگزینی برروی لاین آرین، بدون توجه به توسعه اندام‌های حیاتی بدن، از جمله قلب سبب شده که این لاین به یکی از لاینهای بسیار حساس نسبت به سندروم آسیت شناخته شود. از اینرو، این مطالعه با هدف شناسایی ژنها و شبکههای ژنی درگیر با آپوپتوزیس قلبی در سلولهای بافت قلب مرغان حساس و مقاوم به آسیت لاین آرین صورت گرفت. بدین منظور، 2 نمونه حساس و 2 نمونه مقاوم استخراج RNA و اطلاعات ترانسکریپتومی آنها با استفاده از توالییابی نسل جدید RNA-Seq بدست آمد. تعیین کیفیت داده و حذف آلودگی آن با استفاده از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic صورت گرفت. همچنین تفریق بیان ژن با استفاده از نرم‌افزارهای Cuffmerge، Cufflink و Cuffdiff امکان پذیر گردید. 20034 ژن در مجموع نمونه‌ها مشاهده گردیدند که بعد از جداسازی ژن های با میزان بیان معنی دار نمونه های مقاوم نسبت به حساس در مجموع 291 ژن با 66 مسیر بیولوژیک مرتبط دانسته شدند. که در این میان، 53 ژن در مسیر بیولوژیکی آپوپتوزیس ارتباط معنی دار داشتند. بررسی فرآیندهای بیولوژیکی هستی شناسی ژن‌های معنی دار در نمونه های مقاوم به آسیت برای مسیر بیولوژیکی آپوپتوزیس نشان دادند که مسیرهای تنظیم فرآیند سلولی و تنظیم منفی آپوپتوزیس به طور معنی داری تحت تاثیر آسیت قرار دارند (FDR<0.01). شبکه ژنی ترسیم شده نشان داد که ژن های MEF2A، FGF10، CDK1 و MAD2L1 دارای بیشترین ارتباط ژنی در شبکه ژنی هستند. بنابراین اصلاح نژاد مبتنی بر این ژن ها و طراحی دارو ممکن است در کنترل آپوپتوزیس ناشی از سندروم آسیت موثر باشد.
کلمات کلیدی
, سندروم آسیت, آپوپتوزیس, RNA-Seq, بیان ژن, مرغ آرین
@article{paperid:1070019,
author = {صحرائی سعدآبادی, سعید and نصیری, محمدرضا and جوادمنش, علی and رضا توحیدی and اسماعیل ابراهیمی},
title = {بررسی بیان ژن و شبکه های ژنی مرتبط با آپوپتوزیس در مرغان حساس و مقاوم به آسیت والدین جوجه گوشتی آرین با استفاده از RNA-seq},
journal = {تحقیقات تولیدات دامی},
year = {2018},
volume = {8},
number = {1},
month = {September},
issn = {2252-0872},
pages = {53--66},
numpages = {13},
keywords = {سندروم آسیت، آپوپتوزیس، RNA-Seq، بیان ژن، مرغ آرین},
}
%0 Journal Article
%T بررسی بیان ژن و شبکه های ژنی مرتبط با آپوپتوزیس در مرغان حساس و مقاوم به آسیت والدین جوجه گوشتی آرین با استفاده از RNA-seq
%A صحرائی سعدآبادی, سعید
%A نصیری, محمدرضا
%A جوادمنش, علی
%A رضا توحیدی
%A اسماعیل ابراهیمی
%J تحقیقات تولیدات دامی
%@ 2252-0872
%D 2018
