عنوان : ( توالی‌یابی de novo ترانسکریپتوم و آنالیز عملکردی ژنهای با بیان متفاوت بذرهای بزرگ و کوچک گیاه توق خاردار (Xanthium strumarium L.) در دوره نمو )
نویسندگان: ایمان نعمتی , محمد صدقی , قاسم حسینی سالکده , رضا توکل افشاری , محمدرضا نقوی ,
Full Textچکیده
گیاه توق خاردار گیاهی هرز با ارزش دارویی بالا است که به دلیل وجود خواب عمیق فقط در یکی از دو بذر درون یک کپسول این گیاه، برای مطالعات خواب بذر بسیار مورد علاقه پژوهشگران است. با این وجود، نبود اطلاعات ژنومیک در این گیاه، سبب شده است که دانسته ها در مورد آن در سطح با هدف شناسایی و بررسی ،Illumina بسیار پایینی باشد. در این تحقیق، ترانسکریپتوم بذرهای کوچک و بزرگ این گیاه در طول دوره نمو با استفاده از پلتفرم عملکردی رونوشت های با بیان متفاوت میان دو بذر، توالی یابی شد. توالی های شناسایی شده بین دو بذر با یکدیگر مقایسه شدند و رونوشت های با بیان متفاوت بین دو 989 جفت باز شناسایی شد. آنالیزهای تشابه توالی و تفسیر عملکردی / بذر مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند. در این پژوهش تعداد 191192 توالی ژن با میانگین طول 69 83 درصد) داشتند. / بیشترین تشابه را با آفتابگردان زراعی ( 41 ،top hits انجام شد. ژنهای با بیان متفاوت، از نظر KEGG و GO آنالیز ،nr این توالی ها برعلیه پایگاه داده یافت شده در دسته فرایند بیولوژیک، فرایندهای بیوسنتزی بود. نتایج این تحقیق GO سبب شناسایی 615 تفسیر عملکردی در 36 گروه شد. فراوانترین GO آنالیز فرایندهای بیوسنتزی و متابولیک بیشتر را در بذر بزرگ نسبت به بذر کوچکتر و نقش تنظیمی کلیدی رونویسی را در دوره نمو بذر نشان داد.
کلمات کلیدی
, توق خاردار, ترانسکریپتوم, بذرهای بزرگ و کوچک, نمو, توالی یابی
@article{paperid:1079638,
author = {ایمان نعمتی and محمد صدقی and قاسم حسینی سالکده and توکل افشاری, رضا and محمدرضا نقوی},
title = {توالی‌یابی de novo ترانسکریپتوم و آنالیز عملکردی ژنهای با بیان متفاوت بذرهای بزرگ و کوچک گیاه توق خاردار (Xanthium strumarium L.) در دوره نمو},
journal = {علوم و فناوری بذر ایران},
year = {2020},
volume = {8},
number = {2},
month = {January},
issn = {2322-2646},
pages = {211--227},
numpages = {16},
keywords = {توق خاردار، ترانسکریپتوم، بذرهای بزرگ و کوچک، نمو، توالی یابی},
}
%0 Journal Article
%T توالی‌یابی de novo ترانسکریپتوم و آنالیز عملکردی ژنهای با بیان متفاوت بذرهای بزرگ و کوچک گیاه توق خاردار (Xanthium strumarium L.) در دوره نمو
%A ایمان نعمتی
%A محمد صدقی
%A قاسم حسینی سالکده
%A توکل افشاری, رضا
%A محمدرضا نقوی
%J علوم و فناوری بذر ایران
%@ 2322-2646
%D 2020
