عنوان : ( شناسایی و بررسی خصوصیات مولکولی دو جدایه از ویروس موزائیک پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus) بر مبنای ژنهای p1 و cp )
نویسندگان: ثریا تورنگ , محسن مهرور , محمد زکی عقل ,بر اساس تصمیم نویسنده مقاله دسترسی به متن کامل برای اعضای غیر دانشگاه ممکن نیست
چکیده
ویروس موزائیک پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus, VMV) یک گونه جدید از پوتیویروسهاست که به تازگی گزارش شدهاست، این ویروس روی گیاه پیچ تلگرافی نشانههای موزائیک شدید تا خفیف، تاولی، پیسک، زردی، چیندار شدن و پیچیدگی برگ ایجاد میکند. بهمنظور تعیین خصوصیات مولکولی و تبارزایی دو جدایه از ویروس موزائیک پیچ تلگرافی (VMV-IR-1, VMV-IR-2) بر مبنای ژنهای cp و p1، ابتدا توالی ژنهای p1 و cp جدایههای موردنظر که با روش تـوالییـابی نسـل جدیـدNext generation sequencing, NGS) ) بهدست آمدهبودند با توالی سایر پوتیویروسهای موجود در بانک ژن مقایسه شدند، درصد تشابه میان ژن cp دو جدایه ایرانی VMV در سطح نوکلئوتیدی (nt) 93.11 درصد و در سطح آمینواسیدی (aa) 97.00 درصد بود. برای ژن p1 نتایج نشاندهنده درصد تشابه 68.35 در سطح نوکلئوتیدی و 66.78 درصد در سطح آمینواسیدی بود. بیشترین درصد تشابه ژن cp جدایههای ویروس VMV با سایر پوتیویروسهای موجود در بانک ژن در سطح نوکلئوتیدی با asparagus virus 1 (ASV1)به میزان 75.00 درصد با VMV-IR-1 و 73.82 درصد با VMV-IR-2 بود و در سطح آمینواسیدیVMV-IR-1 و VMV-IR-2 بیشترین درصد تشابه را با Vanilla distortion mosaic virus (VDMV) به میزان 70.39 درصد نشان دادند. بیشترین درصد تشابه ژن p1 جدایههای VMVدر سطح نوکلئوتیدی با (CatMV) Catharanthus mosaic virus به میزان 52.29 درصد با VMV-IR-1 و 51.31 درصد با VMV-IR-2 بود و در سطح آمینواسیدی VMV-IR-1 و VMV-IR-2 بیشترین درصد تشابه را با (ZTMV) zucchini tigre mosaic virus به میزان 28.70 درصد نشان دادند. همچنین موتیفهای حفاظتشده در توالی ژنهای cp و p1 مشخص شدند. دندروگرام حاصل از مطالعات تبارزایی بر مبنای توالیهای نوکلئوتیدی و آمینواسیدی ژنهای مورد بررسی دو جدایه ایرانی VMV به همراه گونههای دیگر جنس پوتیویروس موجود در بانک ژن، این ویروسها را بهترتیب در دو و سه گروه مجزا از هم، طبقهبندی کرد. تعیین روابط تکاملی براساس ژن cp در سطح آمینواسیدی نشان داد که نزدیکترین ویروس به جدایههای VMV، ویروس Yam mosaic virus (YMV) بود. درخت تبارزایی رسمشده بر اساس ژن CP در سطح نوکلئوتیدی، جدایههای VMV را با ویروسهای Sweet potato virus 2 (SPV2) ، (SCMV) Sugarcane mosaic virus، Onion yellow dwarf virus OYDV)) و Johnsongrass mosaic virus (JGMV) در یک گروه قرار داد. بر اساس توالی ژن p1 جدایههای VMV در سطح نوکلئوتیدی نزدیکترین ارتباط را با ویروسJGMV دارند و در سطح آمینواسیدی با ویروسهای YMV و Celery mosaic virus ( (CeMV در یک گروه قرار میگیرند. تجزیه و تحلیل تبارزایی براساس ژنهایCP و P1، جدایههای VMV را در میان اعضای جنس پوتیویروس گروهبندی کرد. بنابراین تجزیه و تحلیل بر مبنای این دو ژن قابلیت تفکیک اعضای جنس پوتیویروس را دارد. همینطور خصوصیات ژنومی ژنهای CP و P1 جدایههای VMV مشابه ویژگیهای این دو ژن در سایر اعضای جنس پوتیویروس است.
کلمات کلیدی
پوتی ویروس پیچ تلگرافی تجزیه و تحلیل تبارزایی توالی یابی نسل جدید@article{paperid:1101255,
author = {تورنگ, ثریا and مهرور, محسن and زکی عقل, محمد},
title = {شناسایی و بررسی خصوصیات مولکولی دو جدایه از ویروس موزائیک پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus) بر مبنای ژنهای p1 و cp},
journal = {پژوهش های حفاظت گیاهان ایران},
year = {2024},
volume = {38},
number = {3},
month = {December},
issn = {2980-8170},
pages = {209--226},
numpages = {17},
keywords = {پوتی ویروس پیچ تلگرافی تجزیه و تحلیل تبارزایی توالی یابی نسل جدید},
}
%0 Journal Article
%T شناسایی و بررسی خصوصیات مولکولی دو جدایه از ویروس موزائیک پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus) بر مبنای ژنهای p1 و cp
%A تورنگ, ثریا
%A مهرور, محسن
%A زکی عقل, محمد
%J پژوهش های حفاظت گیاهان ایران
%@ 2980-8170
%D 2024