پژوهش های حفاظت گیاهان ایران, دوره (38), شماره (3), سال (2024-12) , صفحات (209-226)

عنوان : ( شناسایی و بررسی خصوصیات ‎مولکولی‎ دو جدایه از ویروس موزائیک‎ پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus) بر مبنای ژن‎های p1 و cp )

نویسندگان: ثریا تورنگ , محسن مهرور , محمد زکی عقل ,

بر اساس تصمیم نویسنده مقاله دسترسی به متن کامل برای اعضای غیر دانشگاه ممکن نیست

استناددهی: BibTeX | EndNote

چکیده

ویروس موزائیک‎ پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus, VMV) یک گونه جدید از پوتی‎ویروس‎هاست که به تازگی گزارش شده‎است، این ویروس روی گیاه پیچ تلگرافی نشانه‎های موزائیک‎ شدید تا خفیف، تاولی، پیسک، زردی، چین‎دار شدن و پیچیدگی برگ ایجاد می‎کند. به‌منظور تعیین خصوصیات مولکولی و تبارزایی دو جدایه از ویروس موزائیک‎ پیچ تلگرافی (VMV-IR-1, VMV-IR-2) بر مبنای ژن‎های cp و p1، ابتدا توالی ژن‎های p1 و cp جدایه‎های موردنظر که با روش تـوالی‎یـابی نسـل جدیـدNext generation sequencing, NGS) ) به‎دست آمده‎بودند با توالی سایر پوتی‎ویروس‎های موجود در بانک ژن مقایسه شدند، درصد تشابه میان ژن cp دو جدایه ایرانی VMV در سطح نوکلئوتیدی (nt) 93.11 درصد و در سطح آمینواسیدی (aa) 97.00 درصد بود. برای ژن p1 نتایج نشان‎دهنده درصد تشابه 68.35 در سطح نوکلئوتیدی و 66.78 درصد در سطح آمینواسیدی بود. بیشترین درصد تشابه ژن cp جدایه‎های ویروس VMV با سایر پوتی‎ویروس‎های موجود در بانک ژن در سطح نوکلئوتیدی با asparagus virus 1 (ASV1)به میزان 75.00 درصد با VMV-IR-1 و 73.82 درصد با VMV-IR-2 بود و در سطح آمینواسیدیVMV-IR-1 و VMV-IR-2 بیشترین درصد تشابه را با Vanilla distortion mosaic virus (VDMV) به میزان 70.39 درصد نشان دادند. بیشترین درصد تشابه ژن p1 جدایه‎های VMVدر سطح نوکلئوتیدی با (CatMV) Catharanthus mosaic virus به میزان 52.29 درصد با VMV-IR-1 و 51.31 درصد با VMV-IR-2 بود و در سطح آمینواسیدی VMV-IR-1 و VMV-IR-2 بیشترین درصد تشابه را با (ZTMV) zucchini tigre mosaic virus به میزان 28.70 درصد نشان دادند. همچنین موتیف‎های حفاظت‎شده در توالی ژن‎های cp و p1 مشخص شدند. دندروگرام حاصل از مطالعات تبارزایی بر مبنای توالی‎های نوکلئوتیدی و آمینواسیدی ژن‎های مورد بررسی دو جدایه ایرانی VMV به همراه گونه‎های دیگر جنس پوتی‎ویروس موجود در بانک ژن، این ویروس‎ها را به‌ترتیب در دو و سه گروه مجزا از هم، طبقه‎بندی کرد. تعیین روابط تکاملی براساس ژن‎ cp در سطح آمینواسیدی نشان داد که نزدیک‎ترین ویروس به جدایه‎های VMV، ویروس Yam mosaic virus (YMV) بود. درخت تبارزایی رسم‎شده بر اساس ژن CP در سطح نوکلئوتیدی، جدایه‎های VMV را با ویروس‌های Sweet potato virus 2 (SPV2) ، (SCMV) Sugarcane mosaic virus، Onion yellow dwarf virus OYDV)) و Johnsongrass mosaic virus (JGMV) در یک گروه قرار داد. بر اساس توالی ژن p1 جدایه‎های VMV در سطح نوکلئوتیدی نزدیکترین ارتباط را با ویروس‎JGMV دارند و در سطح آمینواسیدی با ویروس‎های YMV و Celery mosaic virus ( (CeMV در یک گروه قرار می‎گیرند. تجزیه و تحلیل تبارزایی براساس ژن‎هایCP و P1، جدایه‎های VMV را در میان اعضای جنس پوتی‎ویروس گروه‎بندی کرد. بنابراین تجزیه و تحلیل بر مبنای این دو ژن قابلیت تفکیک اعضای جنس پوتی‎ویروس را دارد. همینطور خصوصیات ژنومی ژن‎های CP و P1 جدایه‎های VMV مشابه ویژگی‎های این دو ژن در سایر اعضای جنس پوتی‎ویروس است.

کلمات کلیدی

پوتی‎ ویروس پیچ ‎تلگرافی تجزیه و تحلیل‎ تبارزایی‎ توالی‎ یابی نسل جدید
برای دانلود از شناسه و رمز عبور پرتال پویا استفاده کنید.

@article{paperid:1101255,
author = {تورنگ, ثریا and مهرور, محسن and زکی عقل, محمد},
title = {شناسایی و بررسی خصوصیات ‎مولکولی‎ دو جدایه از ویروس موزائیک‎ پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus) بر مبنای ژن‎های p1 و cp},
journal = {پژوهش های حفاظت گیاهان ایران},
year = {2024},
volume = {38},
number = {3},
month = {December},
issn = {2980-8170},
pages = {209--226},
numpages = {17},
keywords = {پوتی‎ ویروس پیچ ‎تلگرافی تجزیه و تحلیل‎ تبارزایی‎ توالی‎ یابی نسل جدید},
}

[Download]

%0 Journal Article
%T شناسایی و بررسی خصوصیات ‎مولکولی‎ دو جدایه از ویروس موزائیک‎ پیچ تلگرافی (Vinca mosaic virus) بر مبنای ژن‎های p1 و cp
%A تورنگ, ثریا
%A مهرور, محسن
%A زکی عقل, محمد
%J پژوهش های حفاظت گیاهان ایران
%@ 2980-8170
%D 2024

[Download]