مطالعۀ تداخل‌های بین ارگانیسم‌ها و محیط اطرافشان را به‌اصطلاح «اکولوژی» می‌گویند. اکولوژی میکروبی مطالعۀ تداخل‌ها بین میکروارگانیسم‌ها و محیط اطرافشان (شیمیایی، فیزیکی و بیولوژیکی) است. اصطلاح «اکولوژی میکروبی» تا اواخر سال 1960 رایج نبود. تاریخچۀ اکولوژی میکروبی عبور از کشت‌های خالص آزمایشگاهی تا مطالعۀ ارگانیسم‌ها در طبیعت است.