Les sols des écosystèmes enneigés recèlent un pool important de matière organique. Cependant, les régimes d’enneigement risquent de changer sous l’effet du réchauffement climatique. Ce stock de carbone est donc potentiellement vulnérable face au réchauffement global. Les micro-organismes étant des acteurs clés du recyclage de la matière organique, la caractérisation de la microflore alpine peut permettre une meilleure compréhension de l’évolution des pools de carbones contenus dans ces sols. Nous avons suivi les dynamiques saisonnières des communautés microbiennes en Combe et en Crête, deux écosystèmes alpins (2400 m) spatialement proches. En Combes, un épais manteau neigeux protège les sols du gel durant l\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'hiver alors que les Crêtes sont dépourvues de neige, et leurs sols subissent des périodes de gel intense. Ces écosystèmes sont donc contrastés par leur caractéristiques édapho-climatiques et floristiques. Les communautés bactériennes et fongiques ont été étudiées à partir d’ADN du sol, en utilisant la technique d’empreinte moléculaire CE-SSCP (Capillary Electrophoresis Single Strand Conformation Polymorphism). La diversité et la composition de ces communautés a été étudiée par clonage séquençage. Afin le suivre la dynamique saisonnière de la microflore du sol, les prélèvements ont été réalisés en Mai ,Juin, Août et Octobre. les amorces universelles de bactéries et fongiques permettent l’amplification d’un fragment d’ADN de bactéries et fongiques par PCR. Produits du PCR peuvent être séquencé en construisant des librairies de clones et utiliser pour la SSCP Les dendrogrammes obtenus par SSCP montrent que les communautés bactériennes et fungique ont été différentes entre les deux écosystèmes de tous les sites. Les combes sont largement dominées par des Acidobactéries alors que les crêtes sont dominées par des Agaricomycetes. Diversité des communautés microbiennes en fonction du seuil de similarité entre séquences. La diversité bactérienne en Crête apparaît maximum en Juin et plus variable d’une saison à l’autre. Parallèlement, la diversité fongique est plus importante, notamment en Mai et Aout, et varie plus selon les saisons en Combe. Enfin, cette étude montre également que le réchauffement climatique, traduit par des changements du régime d\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'enneigement, peut avoir un impact sur les communautés microbiennes de ces milieux, et probablement sur leurs fonctions dans l’écosystème. Une étude de ces fonctions, par des approches basées sur l’ARN ou sur un screening enzymatique de souches isolées de ces milieux, permettraient une meilleur appréhension du devenir de ces systèmes.

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