شناسایی مولکولی قابلیت تسهیل تشخیص گونه های شناخته شده و همچنین کشف گونه های ناشناخته را دارد. روش DNA Barcoding بر اساس تنوع توالی در ناحیه ای کوتاه و استاندارد از ژنوم می باشد که میتواند یک بارکد بیولوژیکی برای سناشایی در حد گونه فراهم نماید. مطالعات مختلف نشان داده اند که تنوع توالی در ناحیه ای از ژنوم که در مجاورت انتهای ΄ 5 از ژن میتوکندریایی سیتوکروم اکسیداز 1 CO1)) قرار دارد قادر به شناسایی 95 درصد از گونه ها در جانداران مختلف می باشد. ژن Co1 برای گروه غیر قارچی Oomycota وتعداد کمی از گروه های قارچ های حقیقی کاربرد دارد، ام برای اغلب قارچ های حقیقی به خوبی عمل نمی کند. مناسب ترین ژن شناخته شده برای DNA Barcodingدر قارچ های حقیقی ناحیه فضا ساز نسخه برداری داخلی ITS)) مربوط به DNA زیبوزومی درون هسته می باشد. اگرچه ناحیه ITS در DNA زیبوزومی بهترین بارکد جهانی DNA برای قارچ های حقیقی به نظر می رسد، مشکلاتی در استفاده از آن وجود دارد. اول این که ناحیه ITS در مخمرها و قارچهای میکوریز آرباسکول دار بسیار متنوع تر از آن است که بتواند گروه اصلی را تعیین و شناسایی کند. به همین دلیل در این گروه های قارچی ترجیحا از ناحیه ژنی زیر واحد بزرگ RNA ریبوزومی به تنهایی یا همراه با ناحیه ITSاستفاده می شود. ثانیا در برخی قارچ های پاتوژن گیاهی از گروه آسکومیست ها ناحیه ITS به وضوح گونه های مختلف را از هم متمایز نمی نماید. بعلاوه، ITS دارای پارالوگ هایی است که برای برخی گونه های فوزاریم و گلومرومیکوتا شناسایی شده اند. بنابراین، کاربرد کل ناحیه ITS به عنوان مرحله اول و همچنین استفاده از یک ژن ثانویه برای شناسایی قارچ های حقیقی پیشنهاد شده است.

کلمات کلیدی