عنوان : ( ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersic )
نویسندگان: فرهاد شکوهی فر , الهه ربیعی مطلق , ناهید عباس پور , صهبا طوسی ,
Full Textچکیده
قارچ FOL) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici) در طی کلونیزه نمودن آوند گیاه گوجه¬فرنگی پروتئین¬های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می¬کند که سیستم مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می¬نماید و سبب بروز بیماری می¬شود. تاکنون 14 پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده¬است که هیچ یک دمین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ¬های بیمارگر پروتئین¬های اثرگذار حامل دمین LysM جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده¬است. با توجه به کارکرد مهم این دمین در برهمکنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جستجو برای شناسایی ژن¬های اثرگذار حامل دمین LysM در قارچ FOL انجام شد. در ابتدا جستجوی دمین LysM در ژنوم Fol به کمک پایگاه اطلاعاتی Pfam به شناسایی 17 پروتئین منتج گردید که در این بین، با توجه به وزن ملکولی پایین پروتئین¬های اثرگذار و ترشح آن¬ها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نام¬های Fol-LysM1 و Fol-LysM3 جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیش¬بینی ساختار ژنی مفروض با FGENESH+ صورت¬گرفت. سپس حضور ساختارهای دمینی وخصوصایت پروتئین¬های افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دی¬سولفیدی و وزن ملکولی در Fol-LysM1 و Fol-LysM3 پیش¬بینی گردید. در ادامه توالی کدکنننده دو پروتئین فوق درژنوم FOLتکثیر و تعیین¬توالی گردید و با سایر پروتئین¬های اثرگذار دارای دمین LysM از نظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دمین-ها مقایسه گردید. این اولین گزارش از ردیابی ژن¬های اثرگذار دارای دمین LysM در FOL است که توالی Fol-LysM1 با شماره دستیابی KU522305 در بانک ژن ثبت شد.
کلمات کلیدی
, پروتئین ترشحی, برهم کنش مولکولی گیاه و بیمارگر, F. oxysporum f.sp. lycopersici, بیماری پژمردگی آوندی
@article{paperid:1056127,
author = {شکوهی فر, فرهاد and ربیعی مطلق, الهه and عباس پور, ناهید and طوسی, صهبا},
title = {ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersic},
journal = {یافته های نوین در علوم زیستی - Nova Biologica Reperta},
year = {2016},
volume = {2},
number = {4},
month = {March},
issn = {۲۴۲۳-۶۳۳۰},
pages = {235--249},
numpages = {14},
keywords = {پروتئین ترشحی، برهم کنش مولکولی گیاه و بیمارگر، F. oxysporum f.sp. lycopersici، بیماری پژمردگی آوندی},
}
%0 Journal Article
%T ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersic
%A شکوهی فر, فرهاد
%A ربیعی مطلق, الهه
%A عباس پور, ناهید
%A طوسی, صهبا
%J یافته های نوین در علوم زیستی - Nova Biologica Reperta
%@ ۲۴۲۳-۶۳۳۰
%D 2016
