ژنتیک نوین, دوره (12), شماره (4), سال (2018-3) , صفحات (507-516)

عنوان : ( مقایسه ترانسکریپتوم گیاه جو (Hordeum vulgare L.) رقم افضل در پاسخ به تنش شوری با استفاده از تکنیک RNA-Seq )

نویسندگان: فرزانه کوهزادی , محمد فارسی , عبدالرضا باقری , منصور امیدی , توماس گیرکی , هوشنگ علیزاده ,

بر اساس تصمیم نویسنده مقاله دسترسی به متن کامل برای اعضای غیر دانشگاه ممکن نیست

استناددهی: BibTeX | EndNote

چکیده

تنش شوری یکی از مه مترین تنش های محیطی است که منجر به کاهش رشد و عملکرد گیاهان زراعی می شود. برای زنده ماندن در چنین شرایطی، گیاهان باید بتوانند به سرعت به تنش شوری پاسخ دهند. مطالعات مولکولی در گیاهان مختلف نشان می دهد که این مکانیسم شامل شبک ههای پیچید های از تنظیم بیان ژن است. یکی از غلات مهم زراعی که به عنوان گیاهی متحمل به شوری در بین خانواده گندمیان شناخته می شود گیاه جو می باشد. این تحقیق به منظور مقایسه الگوی بیان ژنهای پاسخ دهنده به تنش بلند مدت شوری در رقم افضل، یکی از ارقام مقام جو کشور، انجام شد. به منظور اعمال تنش شوری، از آب شور حاصل از NaCl با EC حدود 91 دسی زیمنس بر متر برای آبیاری استفاده شد. RNA گیاه جو با کیت Trizol از گیاهان تحت تنش شوری و کنترل استخراج و سپس کتابخانه های cDNA تهیه و توال ییابی با استفاده از پلت فرم Illumina/HiSeq انجام شد. تجزیه های RNA-Seq با استفاده از پکیج systemPipeR ، انجام شد. نتایج مقایسه بیان ژن نشان داد پس از اعمال تنش شوری 683 ژن با FC >1.5 و FDR<0.05 به طور معنی داری تغییر بیان یافتند. تجزیه های بیوانفورماتیک نشان داد که ژن های تغییر بیان یافته در ارتباط با فرایندهای مختلفی همچون تبادل آنیون، فعالیت آنتی پورترها، ترانسپورترهای یون سدیم، انتقال یونهای فلزی توسط فعالیت حام لهای ترانس ممبران، فعالیت گزارشگر ترانس ممبران و طیف وسیعی از آبشارهای کینازی و فسفاتازی می باشند. حجم زیاد اطلاعات به دست آمده در این تحقیق می تواند به عنوان منبع اطلاعاتی ارزشمند در مطالعات آتی به منظور دستورزی های ژنتیکی گیاه جو و تولید ارقام متحمل به شوری استفاده شد.

کلمات کلیدی

, افضل, ترانسکریپتوم, جو, شوری, RNA-Seq
برای دانلود از شناسه و رمز عبور پرتال پویا استفاده کنید.

@article{paperid:1067888,
author = {کوهزادی, فرزانه and فارسی, محمد and باقری, عبدالرضا and منصور امیدی and توماس گیرکی and هوشنگ علیزاده},
title = {مقایسه ترانسکریپتوم گیاه جو (Hordeum vulgare L.) رقم افضل در پاسخ به تنش شوری با استفاده از تکنیک RNA-Seq},
journal = {ژنتیک نوین},
year = {2018},
volume = {12},
number = {4},
month = {March},
issn = {۲۰۰۸-۴۴۳۹},
pages = {507--516},
numpages = {9},
keywords = {افضل; ترانسکریپتوم; جو; شوری; RNA-Seq},
}

[Download]

%0 Journal Article
%T مقایسه ترانسکریپتوم گیاه جو (Hordeum vulgare L.) رقم افضل در پاسخ به تنش شوری با استفاده از تکنیک RNA-Seq
%A کوهزادی, فرزانه
%A فارسی, محمد
%A باقری, عبدالرضا
%A منصور امیدی
%A توماس گیرکی
%A هوشنگ علیزاده
%J ژنتیک نوین
%@ ۲۰۰۸-۴۴۳۹
%D 2018

[Download]