عنوان : ( آنالیز بیانِ ژن ها و رسم شبکة ژنی آپوپتوزیس در نژادهای مرغ بومی اصفهان و تجاری راس تحت داده های RNA-seq )
نویسندگان: ژیلا حسانی , محمدرضا نصیری , محمدرضا بختیاری زاده , مجتبی طهمورث پور , علی جوادمنش ,
Full Textچکیده
در این مطالعه با استفاده از داده های توالی یابی RNA-seq، به دست آمده از 12 قطعه مرغِ ماده، بومی اصفهان و تجاری راس به بررسی ژن های با بیان متفاوت ،به شناسایی مهمترین ژن های مؤثر در سیستم آپوپتوز و تقویت آن پرداخته شد. در این بررسی کیفیت داده ها با استفاده از نرم افزار FastQC سنجیده شد. پس از حذف خوانش های بی کیفیت، با استفاده از نرم افزار Trimmomatic ، نقشه یابی داده ها با استفاده از نرم افزار TOP HAT2 انجام گرفت. شبکة ژنی آپوپتوز توسط پایگاه استرینگ رسم و آنالیز شد. تحلیل شبکه نشاندهنده معنی داریِ شبکه بوده و میزان و چگونگی ارتباط ژن ها مشخص شد. نتایج حاصل از بررسی ترنسکریپتوم های سیستم ایمنی با استفاده از Cuffdif نشان داد که از بین 1328 ژن دارای تفاوت بیان معنی دار در سیستم ایمنی، 11 ژن مربوط به آپوپتوز بود. همچنین ژن PIK3CD دارای بیشترین مقدارِ بیان در دو نژاد بومی و تجاری و PIK3CB دارای کمترین مقدارِ بیان در نژاد بومی بودند. بیشترین معنی داری در فرایندهای بیولوژیکی بر اساس آماره Bonferroni، مربوط به مسیرِ علامت دهی وابسته به اینوزیتول1و بر اساس آماره Pvalue مربوط به مسیرِ تنظیم موضعی کردن پروتئین به سمت هسته2 می باشد. آنالیز شبکه ژنیِ آپوپتوز، منجر به شناسایی دو زیر شبکه (کلاستر) گردید که ژن شاخص آنها به ترتیب PIK3R1 و IL1R1می باشد.
کلمات کلیدی
, آپوپتوز, RNA-seq, هستی شناسی ژنها, نژاد مرغ بومی و راس
@article{paperid:1068077,
author = {حسانی, ژیلا and نصیری, محمدرضا and محمدرضا بختیاری زاده and طهمورث پور, مجتبی and جوادمنش, علی},
title = {آنالیز بیانِ ژن ها و رسم شبکة ژنی آپوپتوزیس در نژادهای مرغ بومی اصفهان و تجاری راس تحت داده های RNA-seq},
journal = {پژوهشهای علوم دامی ایران},
year = {2018},
volume = {10},
number = {1},
month = {September},
issn = {2008-3106},
pages = {117--130},
numpages = {13},
keywords = {آپوپتوز، RNA-seq، هستی شناسی ژنها، نژاد مرغ بومی و راس},
}
%0 Journal Article
%T آنالیز بیانِ ژن ها و رسم شبکة ژنی آپوپتوزیس در نژادهای مرغ بومی اصفهان و تجاری راس تحت داده های RNA-seq
%A حسانی, ژیلا
%A نصیری, محمدرضا
%A محمدرضا بختیاری زاده
%A طهمورث پور, مجتبی
%A جوادمنش, علی
%J پژوهشهای علوم دامی ایران
%@ 2008-3106
%D 2018
