تفاوت بین مقدار واقعی خوراک مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام می باشد . انتخاب برای بهبود (RFI) باقیمانده خوراک مصرف شده به دلیل استقلال فنوتیپی آن از وزن متابولیکی بدن و افزایش وزن بدن پیشنهاد شده است . جهت کشف ارتباط بین RFI بازده خوراک دام از طریق ساختار بیان ژن ها و ایزو فرم های مرتبط با آ نها و همچنین نقش تنظیمی آن ها در باقیمانده خوراک مصرف شده در مرغ، پروفایل ترانسکریپ تهای کبد در سن 42 روزگی در دو گروه مرغان بومی اصفهان و مرغان سویه راس مورد بررسی قرار گرفت. باقیمانده خوراک مصرف شده جوجه های بومی اصفهان Cuffdiff (v -11.212±4.435 ) بود. آنالیز تفرقی بیان با استفاده از بسته نرم افزاری ( 2.2.1 g/day) +13.430±5.393 ) و g/day) و سویه راس به ترتیب تعداد 16121 ایزو فرم در مرغ Cuffcompare برای بیش از 45070 ایزو فرم مربوط به 19003 ژن انجام شد. طبقه بندی ایزو فرم های بر اساس نتایج بومی اصفهان کاهش بیان نشان دادند و 28949 ایزو فرم افزایش بیان نشان دادند. از کل ایزو فر مهای شناسایی شده 21081 ایزو فرم جدید بودند . 206 ایزو فرم تغییر بیان یافته بین مرغ سویه راس و مرغ بومی اصفهان شناسایی شد. از بین این ایزو فرم ها، در مرغ بومی اصفهان نسبت به مرغ سویه راس، تعداد 126 ایزو فرم مربوط به 99 ژن کاهش و 80 ایزو فرم مربوط به 55 ژن، افزایش بیان نشان دادند. نتایج تجزیه و تحلیل عملکردی ژن ها نشان داد ایزو فرم های کاهش بیان یافته ی گونه بومی عمدتاً در فرآیندهای زیستی مختلف ازجمله واکن شدهی به استرس، پاسخ به ترکیب حاوی اکسیژن، واکنش دهی به چربی، توسعه ارگان های حیوان، واکنش دهی به مواد مغذی، واکنش دهی به سیتوکین ها ، پاسخ به سطوح تغذیه، فر آیند بیوسنتز مولکول های تکی، فرآیندهای بیوسنتز چربی ها و فرآیندهای تنظیم ارگانیزم های چندگانه نقش داشتند . شناسایی ژن های اختلاف بیان یافته و ایزو DUSP و 16 EGR1 ،IL15 ،RSAD فرم های آن ها بین جوجه های دو نژاد منجر به شناسایی ژن های کاندید مهم برای برنامه های به نژادی، ازجمله 2 شد. این ژن ها می توانند با باقیمانده بالاتر نژاد بومی مرتبط باشند.

کلمات کلیدی