بیست و سومین کنگره گیاهپزشکی ایران , 2018-08-27

Title : ( تعیین توالی کامل و خصوصیات مولکولی آر ان ا یک جدایه ایرانی ویروس برگ باد بزنی مو )

Authors: Mohammad Zaki AGhl , naemeh mostafavi , Mohsen Mehrvar ,

Citation: BibTeX | EndNote

Abstract

ویروس برگ بادبزنی مو برگ بادبزنی شامل بدشکلی برگ، رگبرگ نواری یا موزائیک زرد در تاک آلوده و کاهش کمی و کیفی محصول است. این ویروس در تاکستانهای ایران گسترش وسیعی دارد و از تنوع ژنتیکی زیادی برخوردار است ولی تنها ترادف آر ان ا دو ژنوم جدایه های ایرانی در دسترس است. به منظور تعیین توالی آر ان ا یک جدایه های ایرانی ویروس برگ باد بزنی مو، آر ان ا های کوچک از برگ تاکهای آلوده تعیین توالی شد. از خوانشهای Illumina-Highseq استخراج شد و سپس کتابخانه میکرو آر ان ا از آنها تهیه شد و در پلت فرم 2500 بدست آمده ترادفهای آداپتور و خوانشهای با کیفیت پایین حذف شدند. همردیف سازی خوانشهای پالایش شده با استفاده از نرم افزار انجام شد. از مجموع 436874 خوانش MEGA-X انجام شد. ترسیم درخت فیلوژنی در نرم افزار Ugene در بسته نرم افزاری Bowtie2 از تاکهای آلوده بدست آمد. طول آر ان ا یک این جدایه ها GFLV پالایش شده بدست آمده پس از همردیف سازی، ترادف چهار جدایه 85 درصد در - 82 درصد در سطح نوکلئوتیدی و 93 - 7302 بود. جدایه های توالی یابی شده با جدایه های موجود در بانک ژن 88 -7336 79 درصد در - شباهت داشتند. شباهت آر ان ا یک جدایه های ایرانی با یکدیگر بترتیب 83 GFLV سطح آمینواسیدی پلی پروتئین یک 80 درصد در سطح آمینو اسیدی بود. این نتایج نشان می دهد که تنوع ژنتیکی جدایه های ایرانی با تنوع ژنتیکی - سطح نوکلئوتیدی و 87 با 90 درصد بیشترین NTP Banding جدایه سایر نقاط دنیا قابل مقایسه است. در پروتئینهای موجود در پلیپروتئین یک، پروتئین با 63 درصد کمترین شباهت را با پروتئینهای گزارش شده از پلیپروتئین یک سایر جدایهها Protease cofactor شباهت و پروتئین به همراه جدایه ای از چین در شاخهای مجزا بود ولی سایر جدایه های ایرانی با جدایه Iran داشتند. در درخت فیلوژنی ترسیم شده جدایه 1 های سایر نقاط دنیا در یک شاخه قرار داشتند.

Keywords

, آر ان ا یک, تعیین توالی, فیلوژنی, ویروس برگبادبزنی
برای دانلود از شناسه و رمز عبور پرتال پویا استفاده کنید.

@inproceedings{paperid:1072603,
author = {Zaki AGhl, Mohammad and Mostafavi, Naemeh and Mehrvar, Mohsen},
title = {تعیین توالی کامل و خصوصیات مولکولی آر ان ا یک جدایه ایرانی ویروس برگ باد بزنی مو},
booktitle = {بیست و سومین کنگره گیاهپزشکی ایران},
year = {2018},
location = {IRAN},
keywords = {آر ان ا یک، تعیین توالی، فیلوژنی، ویروس برگبادبزنی},
}

[Download]

%0 Conference Proceedings
%T تعیین توالی کامل و خصوصیات مولکولی آر ان ا یک جدایه ایرانی ویروس برگ باد بزنی مو
%A Zaki AGhl, Mohammad
%A Mostafavi, Naemeh
%A Mehrvar, Mohsen
%J بیست و سومین کنگره گیاهپزشکی ایران
%D 2018

[Download]