عنوان : ( تجزیه و تحلیل خوشه ای صفت عملکرد چربی شیر در گاوهای شیری با استفاده از فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی )
نویسندگان: سمیه بخشعلی زاده بادکی , سعید زره داران , علی جوادمنش ,
دانلود فایل برای اعضای دانشگاهبر اساس تصمیم نویسنده مقاله دسترسی به متن کامل برای اعضای غیر دانشگاه ممکن نیست
چکیده
زمینه مطالعاتی: فراتحلیل، یک روش آماری است که نتایج حاصل از مطالعات متعدد علمی را با هم ترکیب می‌کند. هدف: این مطالعه با هدف بررسی فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی (GWAS) در تجزیه و تحلیل خوشه‌ای تلاش می کند تا با تجمیع مطالعات انفرادی، صحت نتایج حاصل از مطالعات متعدّد را افزایش دهد. هدف دیگر این تحقیق این است که با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه، درک بهتری از معماری ژنتیکی صفت مورد مطالعه را فراهم آید. روش‌کار: در این مطالعه، داده‌های مورد استفاده مربوط به ژنهای قابل دسترس خلاصهGWAS بود. داده‌ها از 19 مطالعه (مقاله‌ها و پایان‌نامه) از سال 2010 تا 2019 از نژادهای مختلف گاو شیری (نژاد هلشتاین و فریژن، جرسی، سوئیسی قهوه‌ای و قرمز سوئدی) جمع‌آوری شد. با استفاده از روش فراتحلیل، تمام ژنهای قابل دسترس از خلاصه GWAS (223 ژن) با تعاملات پروتئین-پروتئین (PPIs) در شبکه‌های مولکولی با هم ترکیب شدند، که سهم بسزایی در افزایش توان شناسایی ژنهای موثر بر مقدار عملکرد چربی داشتند. تجزیه و تحلیل و تجسم این ژنها با استفاده از پلاگینSTRING v1.5.0 در نرم‌افزار Cytoscape v3.7.2 اجرا شد. برای خوشه‌بندی ژنها در شبکه از پلاگین MCODE v1.5.1 در نرم‌افزارCytoscape استفاده شد. این پلاگین مناطق متراکم و متصل را با وزن‌دهی ژنها بر اساس تراکم موقعیت محلی آنها تشخیص می‌دهد. علاوه بر این، برای تعیین اصطلاحات بیولوژیکی (عملکرد مولکولی، فرآیند بیولوژیکی و اجزای سلولی) مرتبط با مناطق ژنومی و برای شناسایی شبکه‌های ژنی از نرم‌افزار DAVID v6.7 برای آنالیز مسیریابی‌های غنی شده استفاده شد. نتایج: PPIs منبع مهمی از اطلاعات مربوط به فرآیندهای بیولوژیکی وعملکردهای متابولیکی را در صفت مربوطه فراهم کرد. در مطالعه حاضر، شبکه برهمکنش پروتئین‌هایی را که در تنظیم مقدار عملکرد چربی شیر نقش داشتند، ترسیم شدند. در این شبکه حدوداً 7 خوشه شناسایی و گروه‌بندی شدند. پروتئین‌های موجود در خوشه‌ها (به عنوان مثال در خوشه 1:ARHGAP39،CPSF1 ، CYHR1، PPP1R16A، GRINA، MROH1 و SMPD5) در PPIs مورد بررسی قرار گرفتند. خوشه‌های 1 و 2 در بین همه‌ی خوشه‌های گزارش شده از امتیاز بالایی برخوردار بودند. نتیجه‌گیری کلی: فراتحلیل خلاصه‌های آماری پویش ژنومی می‌تواند به درک وسیعی از تجسم شبکه و تجزیه و تحلیل خوشه‌ای از ژنهای شناسایی شده در مسیرهای غنی شده نقش مهمی را ایفا کند. ژنهای مهم شناسایی شده در این فرآیند می‌تواند در ارزیابی‌های ژنومی و برنامه‌های اصلاح نژادی در مجموعه‌ای از گاوهای شیری در آینده برای عملکرد چربی شیر مفید باشد.
کلمات کلیدی
, فراتحلیل, GWAS, آنالیز خوشه‌ای, گاوهای شیری
@article{paperid:1087459,
author = {بخشعلی زاده بادکی, سمیه and زره داران, سعید and جوادمنش, علی},
title = {تجزیه و تحلیل خوشه ای صفت عملکرد چربی شیر در گاوهای شیری با استفاده از فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی},
journal = {پژوهش های علوم دامی},
year = {2022},
volume = {31},
number = {4},
month = {April},
issn = {2008-5125},
pages = {29--42},
numpages = {13},
keywords = {فراتحلیل، GWAS، آنالیز خوشه‌ای، گاوهای شیری},
}
%0 Journal Article
%T تجزیه و تحلیل خوشه ای صفت عملکرد چربی شیر در گاوهای شیری با استفاده از فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی
%A بخشعلی زاده بادکی, سمیه
%A زره داران, سعید
%A جوادمنش, علی
%J پژوهش های علوم دامی
%@ 2008-5125
%D 2022
