گیاه زعفران ژنوم بزرگ و پیچیدهای دارد، درنتیجه مطالعات ژنتیکی بر روی این گیاه با محدودیت مواجه است. همچنین به دلیل تکثیر رویشی، تنوع ژنتیکی در این گیاه کم است. مارکرهای EST-SRR مزایایی از جمله همغالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلیمورفیسم بالا نسبت به مارکرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن دادههای ترنسکریپتوم، امکان شناسایی مارکرهای EST-SSR برای مطالعات پلیمورفیسم در گیاه زعفران وجود دارد. جهت توسعه مارکرهای EST-SSR، دادههای RNA-Seq گیاه زعفران از NCBI دریافت شدند. سپس کنترل کیفیت و پیرایش دادهها به ترتیب توسط ابزارهای FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از این دادهها و ابزار RNA-Bloom، سرهمبندی ترنسکریپتوم انجام گرفت. ابزار CD-HIT-EST برای حذف ترنسکریپتهای مشابه و تکراری، استفاده شد. کیفیت ترنسکریپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت و درصد ترنسکریپتهای کامل، حدود 90 درصد به دست آمد. پس از دستیابی به ترنسکریپتوم با کیفیت در زعفران، از نرمافزار MISA برای شناسایی EST-SSR ها در ترنسکریپتوم استفاده شد و توالی های دارای SSR شناسایی شدند. طراحی پرایمر با استفاده از نرمافزار Primer3 برای توالیهای EST-SSR، انجام شد. تعداد 35459 توالی SSR شناسایی شدند و پرایمر برای آنها طراحی گردید. از تعداد 10 جفت پرایمر که برای تکثیر PCR روی DNA زعفران انتخاب شدند، 7 جفت پرایمر در اندازه پیشبینی شده تکثیر شدند که نشان از کارایی 70 درصدی مارکر دارد. این پرایمرهای طراحی شده، مارکرهای EST-SSR هستند که در مطالعات ژنتیکی زعفران بسیار کاربردی میباشند.

کلمات کلیدی