گیاه زعفران، گیاهی نر عقیم است که به روش رویشی با استفاده از بنه تکثیر می شود. به دلیل تولید مثل غیرجنسی، تفرق صفات و تنوع ژنتیکی در این گیاه با محدودیت مواجه است. مارکرهای EST-SRR مزایایی از جمله هم غالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلی-مورفیسم بالا نسبت به مارکرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن داده های ترنسکریپتوم، امکان شناسایی مارکرهای EST-SSR برای مطالعات پلی مورفیسم در گیاه زعفران وجود دارد. جهت توسعه مارکرهای EST-SSR، داده های RNA-Seq گیاه زعفران از NCBI دریافت شدند. سپس کنترل کیفیت و پیرایش داده ها به ترتیب توسط ابزارهای FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از این داده ها و ابزار RNA-Bloom، سرهم بندی ترنسکریپتوم انجام گرفت. ابزار CD-HIT-EST برای حذف ترنسکریپت های مشابه و تکراری، استفاده شد. کیفیت ترنسکریپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت و درصد ترنسکریپت های کامل، حدود 90 درصد به دست آمد. پس از دستیابی به ترنسکریپتوم با کیفیت در زعفران، از نرم افزار MISA برای شناسایی EST-SSR ها در ترنسکریپتوم استفاده شد و توالی های دارای SSR شناسایی شدند. طراحی پرایمر با استفاده از نرم افزار Primer3 برای توالی های EST-SSR، انجام شد. تعداد 35459 توالی SSR شناسایی شدند و پرایمر برای آن ها طراحی گردید. از تعداد 10 جفت پرایمر که برای تکثیر PCR روی DNA زعفران انتخاب شدند، 7 جفت پرایمر در اندازه پیش بینی شده تکثیر شدند که نشان از کارایی 70 درصدی مارکر دارد. این پرایمرهای طراحی شده، مارکرهای EST-SSR هستند که در مطالعات ژنتیکی زعفران بسیار کاربردی می باشند.

کلمات کلیدی