Title : ( شناسایی و تزیه و تحلیل ژنوم کامل ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine Deformation virus) از تاکستان های استان خراسان رضوی )
Authors: zahra gholampour , Mohammad Zaki AGhl , Mohsen Mehrvar , A. Si-Ammour ,
دانلود فایل برای اعضای دانشگاهAccess to full-text not allowed by authors
Abstract
نپوویروس‌ها عامل زوال عفونی مو در سراسر دنیا هستند. ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine deformation virus-GDefV) با نام جدید Nepovirus deformationis به زیرگروه A جنس نپوویروس تعلق دارد. علائم GDefV به‌صورت بدشکلی برگ انگور، کوتولگی و زوال درختچه است. GDefV در اغلب موارد در آلودگی مخلوط با ویروس برگ بادبزنی مو مشاهده میشود. برای شناسایی و تعیین توالی ژنوم کامل GDefV سه نمونه انگور با علائم رشد کپهای و زوال در بهار سال ۱۳۹۸ از شهرستان کاشمر در استان خراسان رضوی در شمال‌شرق ایران جمع‌آوری شدند. پس از استخراج RNA از دمبرگ برگ‌های جوان مو، شناسایی اولیه GDefV در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز انجام شد. سپس کتابخانه‌هایی از RNA های کوچک از سه تاک مورد بررسی تهیه و در پلت فرم ایلومینا تعیین توالی شدند. پس از پالایش خوانش‌ها، 15 میلیون خوانش باکیفیت مناسب برای آنالیزهای پایین‌دست باقی ماندند. که از آنها، ژنوم سه جدایه ایرانی GDefV به طول 7386 و 3753 نوکلئوتید بازسازی شد. مقایسه ترادف این جدایهها با توالی‌های GDefV موجود در GenBank بیانگر شباهت 3/94-6/87 درصدی در سطح نوکلئوتیدی و 5/90-8/88 درصد در سطح آمینواسیدی بود. در درخت‌های فیلوژنتیک ترسیم‌شده، جدایه‌های شمال شرق ایران در شاخه‌ای مجزا از سایر جدایه‌های GDefV قرار گرفتند. مقاله حاضر اولین گزارش از تحلیل ژنوم و تبارزایی جدایه‌های GDefV از تاکستان‌های ایران را ارائه می‌دهد
Keywords
ژنوم کامل فیلوژنی ویروس بدشکلی برگ انگور RNAهای کوچک Nepovirus
@article{paperid:1100079,
author = {Gholampour, Zahra and Zaki AGhl, Mohammad and Mehrvar, Mohsen and عزالدین سی آمور},
title = {شناسایی و تزیه و تحلیل ژنوم کامل ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine Deformation virus) از تاکستان های استان خراسان رضوی},
journal = {پژوهش های حفاظت گیاهان ایران},
year = {2024},
volume = {38},
number = {2},
month = {June},
issn = {2980-8170},
pages = {171--181},
numpages = {10},
keywords = {ژنوم کامل فیلوژنی ویروس بدشکلی برگ انگور RNAهای کوچک Nepovirus},
}
%0 Journal Article
%T شناسایی و تزیه و تحلیل ژنوم کامل ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine Deformation virus) از تاکستان های استان خراسان رضوی
%A Gholampour, Zahra
%A Zaki AGhl, Mohammad
%A Mehrvar, Mohsen
%A عزالدین سی آمور
%J پژوهش های حفاظت گیاهان ایران
%@ 2980-8170
%D 2024
